清初的内阁与晚明时期截然不同，尤其是在受到满洲贵族的严密监督和控制方面，尤其值得关注的是以下两个现象。
清初内阁的票拟权力受到了极大的限制。票拟是内阁权力的核心，其范围的大小反映了内阁在朝廷中的地位高低。从清初内阁成立之初，其票拟权就非常有限。言官本章需要封进听旨定夺，阁臣无权过问。不久，又以陈奏本章处理缓慢为借口，规定部院的所有疏章需直接奏请皇帝，这就剥夺了内院对部本预知的权力，部分恢复了关外奏议不经票拟的传统。十年后，更规定机密及参劾本章必须实封进呈，内院失去了对机密奏疏的了解权。这些举措将内阁变成处理日常政务的官僚衙门，而非如冯铨所设想的中枢辅政机构。
大学士的票拟工作直接听命于皇帝，与明朝截然不同。清初的票拟不是阁臣根据自己对问题的理解提出处理意见供皇帝采纳，而是揣摩皇帝的旨意起草谕旨，不可有丝毫专擅。皇帝会亲自阅读题本，然后由内阁根据皇帝旨意拟旨，获皇帝认可后才会下达执行。甚至出现了皇帝在御前亲自票拟的情形，大学士只能老老实实做皇帝的秘书，而不享有任何政务裁决权。这种状况符合明清时期设立内阁的初衷——阁臣之职“专一视草代言”，其官谓之制诰。
在这样的制度下，清初内阁的权力受到了极大的制约。皇帝通过直接参与决策和严格控制票拟过程，确保了内阁无法独立行使权力。这种体制在一定程度上反映了皇权的强化和内阁权力的削弱。尽管大学士们仍然承担着票拟的职责，但他们只能按照皇帝的意愿行事，没有独立的决策权。这种情形使得清初内阁的功能受到了极大的限制，无法充分发挥其作为中枢辅政机构的作用。
清初内阁在皇权的严格控制下运行，其权力范围远远小于晚明时期。皇帝通过一系列措施削弱了内阁的权力，确保了皇权的独尊地位。这种体制在一定程度上体现了满洲贵族的统治策略，即通过对权力的严格控制来维护其统治地位。
